A Lei da Liberdade Religiosa (Lei n.º 16/2001, de 22 de Junho) ressalva expressamente a Concordata com a Santa Sé de 1940, o Protocolo Adicional de 1975 e a legislação aplicável à ICAR, à qual não são aplicadas as disposições desta lei relativas às igrejas e comunidades religiosas inscritas ou radicadas no país (art. 58º). Desta fora, mesmo depois da regulamentação da Lei da Liberdade Religiosa e da sua aplicação prática, o sistema matrimonial português continuará a ser o de casamento civil facultativo na segunda modalidade, em que o casamento católico não é apenas outra forma de celebração do casamento, mas um instituto distinto, regulado, em certos casos, por normas distintas das que regem o casamento civil.
No entanto, passarão a existir casamentos civis celebrados por forma religiosa, perante ministro do culto de igreja ou comunidade religiosa radicada no país (art. 19º), os quais constituirão apenas outra forma de celebração do casamento, que ficará sujeito, no que toca a questões de forma, às mesmas disposições por que se regem os casamentos civis celebrados perante o conservador do registo civil.